Việc thiếu GnRH hoặc nội tiết bất thường có thể gây nên vô kinh vùng dưới đồi. Phàm tất cả các chứng vô kinh do các bệnh tật ở trong não trên tuyến yên gây ra đều thuộc loại này. Nguyên nhân gây bệnh của chúng có thể được chia thành hai loại:
1. Bệnh do khí chất của vùng dưới đồi: Ví dụ như vô kinh sau khi bị khối u, viêm não, kết hạch hoặc não bị ngoại thương, thiếu GnRH bẩm sinh. Chúng tương tự như các chứng bệnh do vô kinh nguyên phát gây ra.
2. Mất thăng bằng cơ năng vùng dưới đồi: Thường gặp ở các trường hợp tinh thần không ổn định, chế độ dinh dưỡng không tốt khiến thể trọng quá thấp, vận động quá sức, chán ăn do thần kinh và các chứng bệnh nặng khác trên cơ thể. Vô kinh vùng dưới đồi do mất thăng bằng cơ năng là hiện tượng thường gặp nhất.
Năm 1994, qua phân tích mẫu máu ở 169 người bị vô kinh do mức độ LH và FSH trong máu thấp hơn bình thường, Hiệp hội Y học Bắc Kinh nhận thấy, các trường hợp mắc bệnh do cơ năng chiếm 87%. Ví dụ: Một số phụ nữ sau khi có sự thay đổi về môi trường sống hoặc bị kích thích thần kinh (như thất tình, trượt thi, cha mẹ qua đời, công việc không thuận lợi), hoặc bị những kích thích thể chất (như mắc bệnh nặng, phẫu thuật, ngoại thương) đã bị mất kinh. Người bị nhẹ sẽ tự hồi phục được kinh nguyệt sau một thời gian, nếu nặng thì bệnh trình sẽ kéo dài.
Những người mắc bệnh này khi đến bệnh viện khám cần phải nhớ rõ xem trước khi vô kinh, những yếu tố có khả năng dẫn đến bệnh tật có tồn tại hay không; hoặc thể trọng và mức ăn uống có gì thay đổi không. Bác sĩ cũng cần kiểm tra, xét nghiệm máu để xác định chính xác nguyên nhân gây bệnh.
Việc điều trị vô kinh vùng dưới đồi phải căn cứ vào nguyên nhân để có các phương pháp khác nhau. Nếu bệnh trình tương đối dài, không thể tự khôi phục được thì cần dùng progestage và oestrogen để kinh nguyệt trở lại bình thường. Nếu muốn sinh con thì người bệnh nặng có thể dùng hMG + hCG để kích thích rụng trứng. Ngoài ra, còn có thể dùng phương pháp điều trị liệu mạch xung GnRH.